細胞內抗原的檢測過程與細胞表面抗原檢測過程基本一致，只是在與一抗孵育前，需要預先對細胞用非離子去污劑進行透化處理。
操作方法
1. 取已固定好的細胞爬片或甩片或經過預處理的組織切片（石蠟或冰凍切片）；
2. 用含0.2%TritonX-100或NP-40的PBS溶液透化固定后的細胞2min（室溫），有些標本可能需要長達15min，時間視抗原而定；
3. 余下步驟接上述“ 注意事項 1. 在使用前，一抗二抗均應測試其合適的稀釋度。 2. 多聚甲醛的固定是不穩定的，標本經多聚甲醛固定后，應再用去污劑處理，如果標本在水溶液中浸泡的時間過長，則會使交聯結構解體。因此，應避免固定后的標本在水溶液中浸泡的時間過長。 3. 信號微弱的解決方法： ① 提高一抗和二抗的濃度以增強敏感性 ，這必須測試各種濃度抗體的滴度； ② 延長一抗和二抗的孵育時間。由于細胞染色時抗原吸附在固相載體上，抗原抗體結合時間較在溶液中長。孵育時間可因實驗設計作適當調整，但少于20min抗體和抗原幾乎不能有效結合。在以上兩點中，應摸索出一個*條件以產生有效信號且保持良好的背景。這就需要反復試驗，因為每組抗體和抗原的情況會有所不同； ③ 改變檢測方法，用共聚焦顯微鏡觀察，可提高敏感性。
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